رضا اردکانیان از مهرماه سال ۱۳۶۴ به عنوان مشاور و مسئول دفتر وزیر کشور با سید علی اکبر محتشمی‌پور( مرحوم) همکاری‌اش را آغاز کرد، که تا دو سال در این سمت و سپس از ۱۳۶۶ تا ۱۳۶۸ به عنوان معاون امور محلی و عمران شهری وزیر کشور فعال بود. تغییر ساختار معاونت امور محلی و عمران شهری به معاونت هماهنگی امور عمرانی وزارت کشور جز کارنامه فعالیت این دوره وی محسوب می‌شود. تغییر ساختار معاونت مزبور به دلیل دور نگاه داشتن وزارت کشور در ستاد و معاونت‌ها در استانداری‌ها از مدیریت تفضیلی امور شهرداری‌ها بود، تا زمینه برای اجراء قانون شوراها و تشکیل شوراهای اسلامی شهرها فراهم شود.
معاونت وزارت نیرو
از نیمه سال ۱۳۶۸ و در پایان دولت میرحسین موسوی در وزارت نیرو (دوره بیژن نامدار زنگنه) همکاری خود را با تأسیس و اداره معاونت برنامه‌ریزی و هماهنگی امور اقتصادی این وزارتخانه، تا سال ۱۳۶۹ ادامه داد. این معاونت به منظور ایجاد هماهنگی بیشتر بین بخش‌های ستادی حوزه برق و آب وزارت نیرو بود. در ابتدای دولت محمد خاتمی در سال ۱۳۷۷، از سوی وی برای همکاری با دولت وقت، دعوت شد و به عنوان قائم‌مقام وزارت نیرو در دوره حبیب‌الله بیطرف از ۱۳۷۷ تا ۱۳۸۰ فعالیت نمود. در دولت دوم سید محمد خاتمی از سال ۱۳۸۰ تا ۱۳۸۴ به عنوان معاون وزیر نیرو در امور آب، مدیرعامل و رئیس هیئت مدیره شرکت مدیریت منابع آب ایران به همکاری خود ادامه داد.
در بخش فعالیت‌های برون‌مرزی آب کشور و آنچه که امروز از آن به عنوان «دیپلماسی آبی» یاد می‌شود، در این دوره می‌توان به عملیاتی نمودن معاهده هیرمند در همکاری نزدیک با کشور افغانستان، احداث و به بهره‌برداری رساندن سد دوستی در همکاری با ترکمنستان، احداث سد خداآفرین بر روی رودخانه مرزی با جمهوری آذربایجان و نیز آغاز طرح های توسعه منابع آب و خاک در غرب کشور نام برد.
همکاری با سازمان ملل متحد
از سال ۱۳۸۶ تا پایان ۱۳۹۴ رضا اردکانیان به عنوان مدیر مؤسس دفتر دهه بین‌المللی آب سازمان ملل متحد در شهر بن، آلمان دفتر UN-WATER، مشغول به کار شد. در این مدت همکاری مستقیمی با همهٔ آژانس‌های سازمان ملل که در فعالیت‌های آب، بهداشت و محیط زیست فعال هستند، شکل داد که در نتیجه آن ۱۷۵ پروژه ظرفیت سازی عمدتاً در مناطق در حال توسعه دنیا به اجرا درآمد.
در سال ۱۳۹۱ از طرف معاون دبیرکل سازمان ملل و رئیس دانشگاه این سازمان، تأسیس انیستیتوی جدیدی از دانشگاه سازمان ملل در زمینه مدیریت منابع و زیست‌محیطی (آب، خاک، پسماند) به او محول شد که به عنوان مدیر مؤسس این انستیتو در شهر درسدن، آلمان مشغول به کار است. برای اولین بار پس از تأسیس دانشگاه سازمان ملل در سال ۱۹۷۳ این دانشگاه با مجوز مجمع عمومی سازمان ملل، نسبت به ارائه دوره‌های تحصیلات تکمیلی و صدور مدرک اقدام نموده‌است، که در پی آن این انستیتو توانست که دوره دکترای مشترک با دانشگاه فنی درسدن TU Dresden را راه‌اندازی نماید. به همین دلیل وی از سال ۱۳۹۳ و در دوره مدیریت انستتور مزبور به عنوان استاد تمام منتخب(co-opted) دانشکده علوم محیط زیستی دانشگاه فنی درسدن منصوب گردید.
اردکانیان هم‌زمان با مسئولیت دفتر دهه بین‌الملل آب حدود 2 سال نیز عهده دار معاونت دانشگاه سازمان ملل متحد در اروپا بوده است.
وزارت نیرو
دکتر حسن روحانی، اردکانیان را در مهر ۱۳۹۶ به عنوان وزیر نیرو برای کسب رای اعتماد به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد. وی در ۷ آبان ۱۳۹۶ با ۲۲۵ رای موافق، ۳۸ رای مخالف و ۱۳ رای ممتنع، از مجموع ۲۷۶ رای ماخوذه، به عنوان وزیر نیروی دولت دوازدهم انتخاب شد.
سایر فعالیت‌ها
سرپرست معاونت اروپایی دانشگاه سازمان ملل متحد، بن-آلمان (۱۳۸۸ – ۱۳۹۰)
مشاور ویژه معاون دبیرکل سازمان ملل در آسیای مرکزی (۱۳۸۷ – ۱۳۹۱)
هماهنگ‌کننده کارگروه برنامه‌ریزی و سازماندهی دهه جدید بین‌المللی آب، مصوب مجمع عمومی سازمان ملل متحد (۱۳۹۷ – ۱۴۰۷)
عضویت کمیته علمی WMO در برنامه پژوهش تغییر اقلیم (۱۳۸۶ – ۱۳۹۰)
عضویت شورای حکام مؤسسه آموزشی آب یونسکو UNESCO-IHE، دلفت-هلند (۱۳۸۲–۱۳۸۶)
عضویت شورای بین‌الدول UNESCO-IHP، پاریس، فرانسه (۱۳۸۱ – ۱۳۸۴)
معاون هییت رئیسه UNESCO-IHP، پاریس، فرانسه (۱۳۸۱ – ۱۳۸۳)
فعالیت‌های بین‌المللی
رئیس کمیته ملی آبیاری و زهکشی در ایران (۱۳۸۰ – ۱۳۸۴)
عضویت هیئت مدیره IHA، انجمن بین‌المللی برق آبی‌ها (۱۳۸۳ – ۱۳۸۵)
فعالیت‌های منطقه‌ای
مدیر مؤسس مرکز منطقه‌ای مدیریت آب شهری تحت پوشش یونسکو در تهران - RCUWM با مشارکت ۱۱ کشور در سطح وزرای آب و محیط زیست و سازمان‌های بین‌المللی (۱۳۸۱)
مشارکت در تأسیس مرکز بین‌المللی قنات و سازه‌های تاریخی هیدرولیکی تحت پوشش یونسکو در یزد (۱۳۸۳)
مرکز RCUWM که در حال حاضر نیز فعال است، در آن زمان توانست پروژه‌های مشترک همکاری در بخش آب با کشورهای منطقه از جمله عمان، افغانستان و تاجیکستان را به انجام برساند. از جملهٔ این پروژه‌ها، تهیه طرح جامع آب در حوضه آبریز کابل و نیز انتقال آب آشامیدنی به شهر زرنج، مرکز ایالت نیمروز افغانستان بود، که با همکاری دستگاه‌های ستادی از جمله وزارت امور خارجه و نهاد ریاست جمهوری، زمینه‌ساز اجرای عملی معاهدهٔ متوقف شدهٔ هیرمند، پس از ۳۰ سال شد و در پی امضای یادداشت تفاهم همکاری بین روسای جمهور ایران و افغانستان، برای اولین بار پس از امضای معاهده در ۱۹۵۱، کمیساریای مشترک رودخانه هیرمند تشکیل و تعهد افغانستان در تأمین حقابهٔ ایران از رودخانه هیرمند با رعایت ترتیبات فنی عملیاتی گردید. مدل تأسیس مرکز منطقه‌ای مدیریت آب شهری در تهران توسط یونسکو در سایر نقاط جهان نیز به کار گرفته شد و هم اینک تعداد زیادی از این مراکز در مناطق مختلف تأسیس و مشغول به فعالیت می‌باشند.