رضا اردکانیان از مهرماه سال ۱۳۶۴ به عنوان مشاور و مسئول دفتر وزیر کشور با علی اکبر محتشمی‌پور همکاری‌اش را آغاز کرد، که تا دو سال در این سمت و سپس از ۱۳۶۶ تا ۱۳۶۸ به عنوان معاون امور محلی و عمران شهری وزیر کشور فعال بود. تغییر ساختار معاونت امور محلی و عمران شهری به معاونت هماهنگی امور عمرانی وزارت کشور جز کارنامه فعالیت این دوره وی محسوب می‌شود. تغییر ساختار معاونت مزبور به دلیل دور نگاه داشتن وزارت کشور در ستاد و معاونت‌ها در استانداری‌ها از مدیریت تفضیلی امور شهرداری‌ها بود، تا زمینه برای اجراء قانون شوراها و تشکیل شورای اسلامی شهرها فراهم شود.