از نیمه سال ۱۳۶۸ و در پایان دولت میرحسین موسوی در وزارت نیرو (دوره بیژن نامدار زنگنه) همکاری خود را با تأسیس و اداره معاونت برنامه‌ریزی و هماهنگی امور اقتصادی این وزارتخانه، تا سال ۱۳۶۹ ادامه داد. این معاونت به منظور ایجاد هماهنگی بیشتر بین بخش‌های ستادی حوزه برق و آب وزارت نیرو بود. در ابتدای دولت محمد خاتمی در سال ۱۳۷۷، از سوی وی برای همکاری با دولت وقت، دعوت شد و به عنوان قائم‌مقام وزارت نیرو در دوره حبیب‌الله بیطرف از ۱۳۷۷ ت ۱۳۸۰ فعالیت نمود. در دولت دوم محمد خاتمی از سال ۱۳۸۰ تا ۱۳۸۴ به عنوان معاون وزیر نیرو در امور آب، مدیرعامل و رئیس هیئت مدیره شرکت مدیریت منابع آب ایران به همکاری خود ادامه داد.
در بخش فعالیت‌های برون‌مرزی آب کشور و آنچه که امروز از آن به عنوان «دیپلماسی آبی» یاد می‌شود، در این دوره می‌توان به عملیاتی نمودن معاهده هیرمند در همکاری نزدیک با کشور افغانستان، احداث و به بهره‌برداری رساندن سد دوستی در همکاری با ترکمنستان، احداث سد خداآفرین بر روی رودخانه مرزی با جمهوری آذربایجان و نیز مهار آبهای مرزی در غرب کشور نام برد.
در همان زمان و در حالی که پیش‌بینی ورود به دوران مدیریت توأمان عرضه و تقاضا (برنامه چهارم توسعه) و سپس مدیریت تقاضا (برنامه‌های بعدی توسعه) و چالش‌های مرتبط با آن می‌شد، نسبت به ظرفیت سازی نهادی برای مدیریت آب کشور و متناسب با چالش‌های پیش رو در سطح ملی و منطقه ای پرداخته شد که اهم آن‌ها به شرح زیر است:
- سیاست‌های کلی نظام مصوب مجمع تشخیص مصلحت نظام
- راهبردهای بلندمدت توسعه منابع آب کشور مصوبه هیئت وزیران
- سیاست‌های کلی ناظر بر برنامه چهارم توسعه
- شناسایی عرصه مدیریت آب به عنوان یک «فرابخش» توسط هیئت وزیران و تصویب «سند ملی فرابخشی مدیریت منابع آب»
- مصوبه هیئت وزیران در خصوص تشکیل کمیسیون آبهای مرزی و منابع آب مشترک در هیئت وزیران و اجازه تأسیس «مرکز ملی مطالعات آبهای مرزی»
- مصوبات شورایعالی امنیت ملی در خصوص «رفع آلودگی منابع اب» و «مهار آبهای مرزی»
از جملهٔ دیگر فعالیت‌های دوره معاونت آب او در وزارت نیرو، استقرار شرکت مادر تخصصی منابع آب کشور و تأسیس مرکز تحقیقات آب کشور بود.